Altar de Virginia
Conocido también como “The Reef”, se encuentra situado en el lado noreste de la isla y se recorre de norte a sur o viceversa según la dirección de la corriente. En esta zona los acantilados son más bajos lo cual hace que los fondos tengan una mejor y más duradera iluminación solar. Esto ha permitido la creación de pequeñas terrazas de madrépora  que ofrecen refugio a los numerosos peces de arrecife y a las morenas. Además se pueden avistar grandes bancos de carángidos y barracudas. A 25 m. hay una estación de limpieza que constituye uno de los mejores lugares para la observación de tiburones martillo y  tiburones sedosos a poca profundidad.

Bajo del Monstruo
Una inmersión profunda para buceadores experimentados, descendiendo a una plataforma arenosa a unos 54 metros de profundidad donde la temperatura del agua ronda los 18ºC independientemente de que en la superficie pueda estar a 28º/29º, eso sí, la visibilidad normalmente puede superar los 30 metros. El objetivo de esta inmersión es la observación de tiburones solrayo (odontaspis ferox), un tiburón de profundidad muy difícil de observar en cualquier otro lugar y que alcanza fácilmente los 4 m. de longitud. Una de las especies más preciadas de este destino.

Frezzer
Un excelente buceo de pared, formado por grandes formaciones volcánicas. Lo más interesante suele localizarse entre los 18 y los 25 metros, y su localización hace fácil el avistar tiburones martillo y tiburones sedosos, son igualmente frecuentes los encuentros con águilas marinas, mantas y grandes atunes. Menos frecuente, pero igualmente posible en esta zona, es el tiburón ballena.

La Catedral
Se encuentra a casi 400 m. al norte de la isla cerca del grupo de islotes  Rocas del Norte. En uno de los costados de un pináculo, a unos 20 m. de profundidad, se abre un túnel que termina en el lado opuesto a unos 16 m. y ya en el lado de mar abierto. En la entrada del túnel  sobre un fondo de arena suelen encontrarse varios tiburones punta blanca de arrecife y en el interior, con la ayuda de un foco podremos observar las paredes recubiertas de esponjas incrustantes y pequeños corales de color blanco. A la salida nos estarán esperando un gran banco  de carángidos y otro de pargos y en ocasiones águilas marinas.

La Ferretería
Este lugar es también conocido como "La Gringa". Es una inmersión algo profunda, especialmente si se quiere visitar el tunel que atraviesa el pináculo, entre los 24 m. y los 40 m. Si la corriente acompaña, esta será una inmersión perfecta para ver tiburones galapagueños y atunes, y por supuesto los siempre presentes tiburones martillo. 

La Nevera
Esta pequeña bahía de la costa oeste es utilizada como estación de limpieza de numerosas especies, aunque las más destacadas por los buceadores sean los carángidos y los tiburones martillo. Son muy abundantes también los peces sandía o gringos (paranthias colonus) que suelen formar grupos realmente numerosos. Otra de las especies que en ocasiones se concentra en la bahía es el tiburón sedoso.

Puerta del Cielo
Navegando desde el sur hacia el oeste encontraremos las mejores condiciones para la observación de tiburones martillo. El fondo basáltico desciende suavemente hasta unos 25 m. dónde encontraremos una pequeña terraza sobre la que nos apoyaremos para admirar el interminable desfile de tiburones martillos que emergen desde un fondo de aproximadamente 40 m. nadando lenta y rítmicamente en esta agua ricas en alimento. También es posible observar en este punto enormes bancos de carángidos y de pargos así como grandes meros, peces escorpión y morenas en las rocas, entre otras muchas especies.

Scuba
Se desciende al lado de un islote rocoso que forma parte de las “Rocas del Sur”, en aguas habitualmente no muy claras debido a su riqueza en plancton. Una vez superada la profundidad de la termoclina, la visibilidad mejora notablemente y  seguiremos descendiendo por la pared hasta alcanzar el limite del buceo recreativo dónde podremos observar tiburones galapagueños. Al iniciar el  ascenso veremos dibujarse un número enorme de siluetas plateadas, son grupos enormes de tiburones sedosos que desfilan sin descanso delante de los buceadores y que hacen de esta inmersión uno de los puntos fuertes del buceo en Malpelo.

Vagamares
En la parte este de la isla hay una abrupta fisura  que se puede atravesar con la embarcación auxiliar. Dando la espalda al acantilado se desciende a un fondo de arena en 24 m. desde donde se atraviesa un túnel que nos conduce hacia el lado externo del pináculo ya en mar abierto. A la salida del túnel se pueden observar multitud de meros marmóreos así como  otro tipo de peces tropicales. A lo largo de la pared podremos observar el paso de enormes atunes, águilas de mar y al final de la inmersión es habitual el encuentro con grupos de tiburones sedosos que remontan la pared rocosa desde el fondo.